Štruktúra O. T. O., po vzore slobodomurárstva a antických mystérií, stojí na sérii zasvätení a stupňov. Cieľom zasväcovacích obradov je pomocou alegórií a symbolov inštruovať jednotlivca o tajomstvách božstva a prírody, a tým mu napomôcť v jeho či jej sebapoznaní.
Zasvätenie môže udeliť iba na to určený zasvätiteľ počas náležite fyzicky vykonanej ceremónie. V prípade záujmu o zasvätenie pozri stránku o členstve.
Iniciačný rítus rádu O. T. O. sa nazýva Mysteria Mystica Maxima (M∴M∴M∴). Skladá sa z 21 stupňov, z ktorých trinásť je číslovaných a osem nečíslovaných či „prechodových“. Zároveň existujú tri základné hodnosti či „triády“, Pustovník, Milenec a Človek Zeme.
Ďalej nasleduje grafické zobrazenie iniciačnej hierarchie.
| Tretia triáda Človek Zeme | 0° | Minerval |
| I° | Muž a Brat // Žena a Sestra | |
| II° | Magik | |
| III° | Majster mágie | |
| IV° | Dokonalý magik a spoločník Svätej kráľovskej klenby Henochovej | |
| P∴I∴ | Dokonalý zasvätenec a princ jeruzalemský | |
| – | K. E. W. | Rytier východu a západu |
| Druhá triáda Milenec | V° | Zvrchovaný princ Ružového kríža a rytier pelikána a orla |
| Rytier červeného orla a člen Senátu rytierskych hermetických filozofov | ||
| VI° | Slávny rytier (templár) Rádu Kádoša a spoločník Svätého grálu | |
| Veľký inkvizítor a člen Veľkého tribunálu | ||
| Princ kráľovského tajomstva | ||
| VII° | Teoretikus a slovutný zvrchovaný najvyšší inšpektor | |
| Magus svetla a biskup Ecclesia Gnostica Catholica | ||
| Veľmajster svetla a inšpektor obradov a stupňov | ||
| Prvá triáda Pustovník | VIII° | Dokonalý pontifex iluminátov |
| Epopt iluminátov | ||
| IX° | Zasvätenec Svätyne gnózy | |
| X° | Rex Summus Sanctissimus | |
| XI° | Zasvätenec jedenásteho stupňa | |
| XII° | Frater Superior a Vonkajší vodca Rádu |
Stupeň Minerval (0°) je úvodný stupeň zasvätenia, na ktorom sa ašpirant považuje skôr za „cteného hosťa“ než plnohodnotného člena Rádu. Cieľom stupňa je umožniť ašpirantovi vidieť dianie v Ráde a rozhodnúť sa, či sa bude uchádzať o plnohodnotné členstvo. Už minervalovia môžu začať s noviciátom pod dozorom biskupa E. G. C., s cieľom eventuálne stať sa diakonom, kňazom alebo kňažkou slúžiacou Gnostickú omšu.
Prvý stupeň (I°) udeľuje zasvätencovi plnohodnotné členstvo v Ráde. Zasvätenec prvého a vyšších stupňov môže Rád kedykoľvek administratívne opustiť, ale duchovné puto vytvorené medzi ním a Rádom zostane zachované do konca jeho života. Zasvätenec druhého stupňa môže byť vysvätený za diakona Ecclesia Gnostica Catholica.
Po dosiahnutí stupňa Dokonalého zasvätenca (P∴I∴) je ďalší postup možný iba na pozvanie. Zasvätenci prechodného stupňa Rytiera východu a západu (K. E. W.) môžu byť vysvätení za kňaza alebo kňažku Ecclesia Gnostica Catholica. Episkopálne vysvätenie sa udeľuje ako súčasť siedmeho stupňa. Desiaty stupeň (X°) sa udeľuje veľmajstrovi O. T. O. v krajine, v ktorej je zriadená Veľká lóža.
Stupne triády Človeka Zeme predstavujú púť človeka do večnosti. Na nultom stupni je ego podobné blúdiacemu bohovi a ako také je nasmerované k vteleniu. Následne I° predstavuje zrodenie, II° dospelý život, III° individuálnu smrť a IV° svet, ktorý sa otvára po smrti a v ktorom zasvätenec dosahuje oslávený stav. Na stupni P∴I∴ zasvätenec symbolicky dosahuje dokonalosť a cyklus je ukončený.
Obrad II° sám osebe nemôže dostatočne poučiť zasvätenca o symbolických tajomstvách života. Obrady V°–IX° teda tieto tajomstvá ďalej rozvíjajú a inštruujú ašpiranta v hermetickej filozofii, kabale a jóge. Cieľom tejto série obradov je postupne pripraviť zasvätenca na odhalenie a správne nakladanie s Najvyšším tajomstvom Rádu.
X° sa udeľuje Najvyššiemu a Svätému Kráľovi každej Veľkej lóže.
XI° je technický stupeň a nesúvisí so všeobecným plánom Rádu.
XII° je vyhradený pre Vonkajšieho vodcu Rádu.
Každý, kto dosiahol plnoletosť (18 rokov), je slobodný a teší sa dobrej povesti, má nezrušiteľné právo uchádzať sa o zasvätenie do prvých troch stupňov. Fráza „prvé tri stupne“ však v tomto prípade znamená celú triádu Človeka Zeme, pretože stupeň minerval sa považuje za úvod do prvého stupňa a P∴I∴ a štvrtý stupeň sa považujú za doplnky tretieho stupňa.
Dosiahnutie IV° a P∴I∴ obvykle trvá niekoľko rokov. Na väčšine stupňov je nutné zotrvať istý minimálny čas, aby zasvätenec plne vstrebal symboliku zasväcovacieho obradu a náuku daného stupňa. Za istých okolností je však možné zasvätiť ašpiranta do prvého stupňa bezprostredne po udelení stupňa minerval.
O. T. O. a slobodomurárstvo
Členstvo v O. T. O. samo osebe nikomu neudeľuje žiadne postavenie v rámci slobodomurárstva.
Hoci O. T. O. bolo vo svojich prvopočiatkoch koncipované ako nadstavba slobodomurárstva a pracovalo v úzkom spojenectve s niektorými jeho rítmi, Aleister Crowley od roku 1918 razil politiku úplného oddelenia O. T. O. od slobodomurárstva. Crowley v tej dobe revidoval zasväcovacie obrady, insígnie a ďalšieho prvky Rádu, aby ich odlíšil od slobodomurárskych a najmä aby do nich premietol thelémsku náuku. Crowleyho O. T. O. si od tej doby nečiní nárok na to, že by z niekoho „robilo slobodomurára“.